הרב נתנאל חבובא זצ"ל נולד בשנת תקצ"ט (1839) בדמשק לאביו הרב משה חבובא זצ"ל. בגיל שנה התייתם מאביו, ואומץ על ידי סבו הרב יצחק הכהן מסלתון טראב זצ"ל וגידלו כאילו הוא בנו. כבר בהיותו ילד קטן ניכר שנועד לגדולות- הוא היה מוכשר וחרוץ יוצא דופן וכבר בגיל 8 למד עם בחורים מהישיבה הגדולה המיועדת לבני 18 ומעלה. בגיל 17 הוסמך לרבנות על ידי מועצת הרבנים הגדולה של דמשק מכיון שכבר השלים את כל הלימוד הדרוש לכך. אחד מעשירי דמשק- דוד בחר באבי ז"ל- נסע לפקוד קברי צדיקים בארץ ישראל ולקח עמו את הרב נתנאל חבובא, בהגיעם לחברון נפגשו עם הרב אליהו מאני זצ"ל רבה של חברון שהיה בקשר הדוק עם הרב יוסף חיים בעל הבן איש חי. הרב נתנאל חבובא והגביר שוחחו עם הרב מאני על דברי תורה, הרב מאני כל כך התרשם מידיעותיו של הרב חבוא שגזר עליו להישאר שנה בחברון כדי ללמוד עימו תורה ולגדלו עוד בידיעתה, ומהגביר ביקש שיחזיק את משפחתו של הרב חבובא בדמשק עד שהרב יחזור. הגביר נענה בחפץ לב והרב חבובא נשאר בחברון לשנה אחת. לאחר כמה שנים מאותו מעשה הרב מאני הגיע לביקור בדמשק ופגש ברבי נתנאל חבובא וביקש ממנו שכל זמן שהוא נמצא בעיר ילמד עימו שעתיים בכל יום, כמובן שרבי נתנאל נענה ברצון רב. בשנת תר"מ (1880) קיבל רבי נתנאל את כתב המינוי לשמש כאב בית הדין של העיר דמשק, אך רבי נתנאל קיבל את המשרה לא בשמחה שלמה- כיון שכל חפצו היה לעלות לארץ ישראל. בשנת תרס"ג (1903) החליט רבי נתנאל שהוא עוזב את המשרה ואת דמשק ועובר לארץ ישראל, אך ביקש מבני משפחתו שלא יספרו על כך לאיש. אך עוף השמים הוליך את הקול וחכמי העיר באו בזה אחר זה להפציר בו שישאר, אולם רבי נתנאל עמד איתן בדעתו לעלות לארץ הקודש. כאשר עלה לארץ ישראל היה מתפלל פעמים רבות בישיבת המקובלים בית אל, ולאחר מכן עבר להיות מחברי ישיבת "רחובות הנהר" של הרב שאול דוויק הכהן זצ"ל. בחתונתו של הרב עזרא עטיה זצ"ל שימש כעד בקידושין ביחד עם הרב שלום הדאיה זצ"ל- דבר שמעיד על הערכה עצומה לגדולתו בתורה בנגלה ובנסתר ולמעלת מידותיו. נפטר בשנת תרע"ז (1917) ונטמן בחלקת הרבנים המקובלים בהר הזיתים.